Stručnjaci objašnjavaju da se u telu kada se kafa popije na prazan želudac povećava količina želučane kiseline koja uzrokuje gorušicu i probleme sa probavom koji mogu da traju tokom celog dana. Visok nivo kiselosti s vremenom može da dovede do ozbiljnijih problema u abdomenu, poput čira na želucu, sindroma iritabilnog creva i refluksa. Jeftinija kafa, odnosno ona lošijeg kvaliteta, obično ima veću kiselost, što može dodatno da poveća štetnost. 

Ispijanje velikih količina kafe može, takođe, da poveća osećaj teskobe i stresa, a kada kafu pijete na prazan želudac taj problem se još više pogoršava. S druge strane, hrana i probava mogu da deluju umirujuće na organizam. Da biste umanjili negativan efekat kafe na nervni sistem, uz kafu uvek pojedite nešto. Glavni razlog zbog kojeg kafa povećava osećaj stresa jeste hormonska neravnoteža za koju je krivac kofein. Jutarnja kafa na prazan želudac može da ometa proizvodnju serotonina, neurotransmitera odgovornog za osećaj sreće i blagostanja. Istraživanja su pokazala da se, kada prestanemo da pijemo kafu na prazan želudac, vraća bolje raspoloženje.