Za svoje kratke filmove nagrađivan je još u srednjoj školi. Filmsku režiju završio je na uglednoj Filmskoj akademiji u Pragu. NJegov studentski film "Gernika", snimljen prema noveli Antonija Isakovića, pobijedio je na Festivalu studentskog filma u Karlovim Varima.

Tokom studija režirao je i dva kratka filma - "Jedan dio istine" i "Jesen".

Po završetku studija Kusturica se vraća u rodni grad gdje započinje profesionalnu karijeru na Televiziji Sarajevo. Za televizijskim film "Bife Titanik", zasnovan na priči nobelovca Ive Andrića, osvojio je nagradu za režiju na nacionalnom Televizijskom festivalu u Portorožu.

U dugometražnoj igranoj produkciji debitovao je 1981. godine filmom "Sjećaš li se Doli Bel?", za koji je nagrađen "Zlatnim lavom" na filmskom festivalu u Veneciji za najbolji debitantski film, kao i nagradama na Festivalu jugoslovenskog igranog filma u Puli.

Svoj talenat pokazao je i u sljedećem filmu "Otac na službenom putu" /1985/, koje mu donosi "Zlatnu palmu" na filmskom festivalu u Kanu i nominaciju za nagradu američke Filmske akademije "Oskar" za najbolji film van engleskog govornog područja.

Za ovaj film Kusturica je dobio nagrade "Zlatna arena" i "Jelen" na domaćim festivalima, a međunarodna kritika dodijelila mu je Gran pri za najbolji film 1985.

Na filmskom festivalu u Kanu 1989. godine Kusturica je dobio nagradu z arežiju dilma "Dom za vješanje" i specijalnu nagradu "Roberto Roselini".

Predavao je režiju na Akademiji scenskih umjetnosti u Sarajevu od 1981. do 1988. godine, a potom na Univerzitetu "Kolumbija" u NJujorku.

Prvi film Emira Kusturice na engleskom jeziku bio je "Arizona Drim" /1993./ sa Fej Danavej, DŽonijem Depom i DŽerijem Luisom u glavnim ulogama. Film je nagrađen "Srebrnim medvjedom" i Posebnom nagradom žirija na filmskom festivalu u Berlinu 1993. godine.

Naredni film, "Podzemlje" /1995./, donio je Kusturici drugu "Zlatnu palmu" na kanskom festivalu.

Godine 1998. na Venecijanskom filmskom festivalu dobio je Srebrnog lava za najbolju režiju za film "Crna mačka, bijeli mačor".

Film "Život je čudo" pojavio se u bioskopima 2004. godine. Za potrebe snimanja ovog filma, izgrađen je Drvengrad. Srpski i svjetski reditelj 2005. godine bio je predsjednik žirija Kanskog filmskog festivala.

U pariskoj operi Bastilja 26. juna 2007. godine izvedena je njegova pank-opera "Vrijeme Cigana", po motivima filma "Dom za vješanje". Iste godine dodijeljen mu je Orden viteza reda umjetnosti i književnosti, najviše francusko priznanje u oblasti kulture.

Godine 2008. režirao je film "Zavjet" koji je premijerno prikazan na Kanskom festivalu, a potom i dokumentarni film "Maradona" o Dijegu Maradoni.

Film "Na mliječnom putu" svjetsku premijeru imao je 9. septembra 2016. godine na 73. Međunarodnom filmskom festivalu u Veneciji, dok je u Srbiji premijerno prikazan 16. januara 2017. godine na "Kustendorfu" na Mećavniku. Glavne uloge u filmu, pored samog reditelja Emira Kusturice, tumače i slavna italijanska glumica Monika Beluči i srpska glumica Sloboda Mićalović.

Dokumentarni film "Pepe, jedan uzvišeni život", u režiji Emira Kusturice, je priča o najsiromašnijem predsjedniku na svijetu. Film je prikazan u Glavnom programu 47. FEST-a u Beogradu, a svjetsku premijeru imao je na Festivalu u Veneciji. Ovim filmom otvoren je i 12. Međunarodni filmski festival "Kustendorf".

Kusturica je idejni tvorac dva grada - Andićgrada i Drvengrada. Dobitnik je evropske nagrade za arhitekturu "Filip Rotije" 2005. godine za Drvengrad na Mokroj Gori. Ovu nagradu tradicionalno svake treće godine dodjeljuje "Fondacija za arhitekturu" iz Brisela i jedno je od najcjenjenijih belgijskih i evropskih priznanja u oblasti arhitektonske kulture.

Dobitnik je i niza ordena i priznanja, među kojima se posebno ističu Orden Svetog despota Stefana Lazarevića koji mu je Srpske pravoslavna crkva dodijelila 2016. Iste godine ukazom predsjednika Rusije Vladimira Putina dodijeeljen mu je Orden prijateljstva za izuzetan doprinos u učvršćivanju prijateljstva između naroda, za popularizaciju ruskog jezika i kulture u inostranstvu.

Nosilac je i Ordena "Italijanske zvijezde", koje dodjeljuje predsjednik Republike Italije, a ove godine je o Medalju za zasluge, koju dodjeljuje predsjednik Češke Republike.

Emir Kusturica bavi se i književnim radom. Napisao je i tri knjige "Smrt je neprovjerena glasina" /2010/, "Sto jada" /2013/ i "Šta mi ovo treba" /2018/.

Širom svijeta publiku oduševljava nastupima kao bas gitarista sa svojim bendom "No smoking orkestra".