Međutim, ti portovi su izloženi spoljašnjim uticajima i mogu lako nakupiti prašinu, prljavštinu i sitne čestice koje, ako se ne uklone, mogu izazvati probleme u radu portova. Redovno i pravilno čišćenje može spriječiti kvarove i produžiti funkcionalnost uređaja.

Za bezbjedno čišćenje USB portova (bilo da su u pitanju Tip-A ili Tip-C), preporučuje se sledeći pribor: četkica sa mekim vlaknima, štapići za uši, alkohol za čišćenje (70% izopropilni alkohol), pinceta sa gumenim vrhom i po mogućstvu kompresovani vazduh sa tankim plastičnim nastavkom. Prije početka čišćenja, računar treba isključiti kako bi se izbjegla bilo kakva šteta usljed kratkog spoja.

Postupak čišćenja uključuje nekoliko jednostavnih koraka. Prvo se uklanja vidljiva prašina četkicom. Ako su čestice dublje, može se koristiti pinceta sa gumenim vrhom i dodatno osvjetljenje, ali se mora izbjegavati bilo kakav metalni predmet koji bi mogao prespojiti kontakte, izazvati kratak spoj i tako oštetiti port. Potom se koristi kompresovani vazduh u kratkim mlazevima – važno je držati bocu uspravno kako ne bi došlo do izlivanja tečnosti.

Konačni korak podrazumijeva upotrebu štapića za uši umočenog u izopropilni alkohol, kojim se nežno prelazi po unutrašnjosti porta kako bi se uklonila nečistoća sa kontakata. Pošto alkohol brzo isparava, ne predstavlja opasnost za elektroniku. Za dodatnu zaštitu i rjeđe čišćenje, preporučuje se korišćenje silikonskih čepića, zatvarača za USB portove koji su dostupni na internetu. Oni pomažu da portovi ostanu čisti kada nisu u upotrebi.