Ovaj institut, podsjećanja radi, ima obavezu pronaći nestala lica i uspostaviti centralnu evidenciju nestalih, te vratiti dostojanstvo žrtvama i dati odgovor njihovim porodicama, te doprinijeti zadovoljavanju pravde i ostvarenja procesa pomirenja.

Unutarašnja organizacija i sistematizacija radnih mjesta u Institutu uređeni su Pravilnikom, prema kojem je za obavljanje poslova iz nadležnosti Instituta utvrđeno  55 radnih mjesta, sa opisom poslova i uslovima školske spreme i radnog iskustva zaposlenika.

"U radnom odnosu na dan 30. juni ove godine nalazilo se 49 zaposlenika, od čega je 46 zaposlenika u radnom odnosu na neodređeno vrijeme i tri člana Kolegija direktora, imenovani od strane privremenog Upravnog odbora Instituta za nestala lica Bosne i Hercegovine", navedeno je u Nacrtu Srednjoročnog plana rada Instituta za nestala lica za period 2026. - 2028.

Prema Pravilniku o untrašnjoj organizaciji i sistematizaciji Institut se sastoji od četiri organizacione jedinice, a to su Kabinet Kolegija direktora, Sektor za traženje, ekshumacije i identifikacije,  Sektor Centralne evidencije nestalih osoba, te Sektor za opšte, pravne i finansijske poslove.